Во втором выпуске Windows 98 имеется встроенная поддержка клавиатуры Microsoft Natural. В новой операционной системе специальное назначение приобретают клавиши с изображением эмблемы Windows. Программа IntelliType версии 1.00 не может быть установлена во втором выпуске Windows 98. Если второй выпуск Windows 98 установить поверх Windows 3.1 или Windows 95 с работающей программой IntelliType, эта программа будет иметь ограниченную функциональность. Если Windows 98 устанавливается поверх Widows 3.x или Windows 95 с работающей программой IntelliType версии 1.00, рекомендуется удалить строку из файла System.ini, который находится в папке, содержащей файлы Windows 98:
При этом диспетчер задач Windows 3.1 IntelliType будет отключен. Поддержка клавиш с эмблемой Windows во втором выпуске Windows 98 осуществляется и без него.